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Pour la campagne d’évaluation 2018, les analyses proposées seront organisées en 7 modules différents :

• Poumon : EGFR, KRAS incluant aussi au choix, BRAF, PIK3CA, ERBB2 

• Côlon : Côlon KRAS, BRAF, NRAS incluant aussi au choix, MSI, PIK3CA, Méthylation du promoteur MLH1 

• Mélanome : BRAF incluant au choix NRAS

• Ovaire : BRCA1/2

• Panel de base : incluant au choix EGFR, KRAS, BRAF

• Extraction et analyse de l’ADN tumoral circulant
Ce module, organisé avec la collaboration du CHU de Nantes (Pr. Marc Denis), se base sur 10 échantillons de plasma calibrés et permettra la recherche de mutations sur le gène EGFR 

• Analyse NGS (3 échantillons éducatifs) - Ne peut être souscrit qu’en complément d’un autre EEQ Gen&Tiss
Ce programme permet de comparer des résultats bruts provenant de séquenceurs différents et d’approches d’alignement différents (utilisation des bam). Les résultats seront analysés avec le même pipeline bioinformatique et les résultats seront comparés aux résultats du laboratoire (fichier vcf fourni).

Actualités: les résultats ds EEQ 2018 sont disponibles sur le site de Gen&Tiss

http://www.genetiss.org/

Journée de restitution: 5 juillet 2019, Institut Imagine 

 


Gen&Tiss

A partir de 2008, les plateformes de génétique moléculaire des cancers en France ont été sollicitées pour l’analyse de mutations dans plusieurs tumeurs solides (poumon, côlon, mélanome, ovaire). Les missions se sont étendues depuis sur plusieurs marqueurs.

Depuis 2012, le projet national Gen&Tiss, initié par l’Institut National du Cancer (INCa) a pour objet l’évaluation externe de la qualité (EEQ) des examens de génétique moléculaire sur tissus tumoraux. Gen&Tiss permet une comparaison nationale inter-laboratoires. Dans une démarche d’amélioration continue des pratiques, des recommandations techniques et organisationnelles seront élaborées sur la base des résultats de ce contrôle.
Dans le cadre de l’accréditation ISO 15189, le programme Gen&Tiss permet aux laboratoires de justifier d’un contrôle qualité externe obligatoire pour accréditer les analyses réalisées.


 

La philosophie des EEQ Gen&Tiss

Les EEQ Gen&Tiss sont conçus pour évaluer toutes les étapes des examens de génétique moléculaire depuis la gestion du prélèvement fixé et incus en paraffine (FFPE) jusqu'à l'interprétation des résultats et leur communication sous forme un compte rendu, impliquant l’organisation de la plateforme entre les activités de pathologie et de génétique moléculaire. Le groupement des organisateurs du contrôle qualité tient compte des trois axes de ce contrôle qualité : l’anatomopathologie (AFAQAP), la génétique moléculaire (GFCO – Gustave Roussy) et la gestion de la qualité (Université Catholique de Louvain). Un laboratoire européen externe est impliqué dans la validation des échantillons envoyés (Nijmegen, UMC St Radboud).

Ce programme est proposé une fois par an.

Les échantillons transmis
Le participant reçoit 5 échantillons correspondant à des tumeurs différentes comportant ou pas une mutation du gène étudié. Chaque échantillon est constitué de 3 coupes de 5µm (3 lames blanches) de tissus inclus en paraffine.
- Une lame de chaque échantillon est destinée à une coloration HE pour déterminer la zone à analyser et y estimer la cellularité ;
- Les deux autres coupes servent à l’extraction d’ADN.

L'analyse des échantillons
Le protocole d’extraction de l’ADN et les techniques d'analyse des gènes d'intérêt doivent être ceux utilisés en routine.

Le principe de l’anonymat
L’anonymat des participants est préservé de manière stricte. Le comité d’organisation et les évaluateurs n’ont pas accès à ces informations confidentielles.

La communication des résultats:
Les résultats des génotypes sont accessibles sur le site de Gen&Tiss. Les résultats individuels de chaque participant sont communiqués sur la boîte mail anonymisée RoundCube du participant.  Une journée de restitution annuelle est organisée. Elle s'accompagne d'ateliers d'échanges et harmonisation des pratiques professionnelles.                                                                                                                                                               

Pour vous inscrire ou prendre toutes les informations utiles:
http://www.genetiss.org/